Lacunas temáticas: O participante do Exame não tem a obrigatoriedade de responder ao questionário sócio-econômico, assim como fazer a redação.

Lacunas temporais: A comparabilidade temporal dos resultados do Enem será possível a partir de 2009, dado à adesão ao modelo estatístico da Teoria de Resposta ao Item, no entanto os Exames anteriores não permitem tal comparação.